基因集（Gene Set ），简称GSVA，是麻省理工学院和哈佛研究团队于2005年发表在Proc Natl Acad Sci US A.上提出的一种基因功能富集方法，已被引用超过20000次。它可以说是基因富集分析的常用工具[1]。同时mac可视化软件安装工具，GSEA官网还提供了可视化的软件平台和mac平台，只需点击鼠标即可完成。

虽然官方提供了图形界面的软件，但是作为新手，你会遇到以下问题：

1. 软件需要配置JAVA环境（初学者半天不行）；

2.纯英文界面，参数选择较多（对盛信小白不够友好）；

3. 电脑性能要求高（笔记本或低配置容易卡死）；

4. 分析结果不美观，需要用R语言重新可视化（对初学者编程要求较高）。

考虑到以上问题，我们在开发过程中综合以往项目的经验，结合以上问题设计了两款小工具。小伙伴们只需要准备好数据并导入到中就可以达到同样的效果。

从分析到绘图，只需点击鼠标即可完成。了解中文友好的界面。

快来和小编一起学习工具

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单击“GSEA 简单分析工具”和“GSEA 结果可视化工具”

1、GSEA 简单分析工具

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该小部件默认支持三种类型的 GSEA 分析（样本分组、基因排序和基因分组）。三种模式的输入文件如下图所示。

1. 根据样本分组和基因表达谱执行 GSEA 分析。在这种模式下，需要输入两个文件。第一个文件是样本的表达矩阵mac可视化软件安装工具，第二个文件是样本的分组文件。分组排列，默认支持两组间的富集分析。

2. 根据表达谱中基因的表达水平进行分组，然后进行 GSEA 分析。

3. GSEA 分析是在根据特定基因的表达水平排序后进行的。输入文件包含两列，第一列是基因名称，第二列是基因表达水平。

4. 输出结果，这里得到的结果和GSVA得到的结果一样软件

5. 选择结果：将分析结果下载保存到本地，用浏览器打开，根据自己的需要选择感兴趣的通道进行可视化（前提是必须先了解GSVA软件结果的操作），如下图所示。

2、GSEA 结果可视化器

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1. 输入文件是前面GSEA操作的结果和需要可视化的通路，如下图所示。

2. 结果目录：默认目录在个人中心，如下图。

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1.如果数据以文件格式导入云平台，平台默认无法读取Excel中的数据，必须将Excel文件转换为制表符分隔的文本文件，否则小工具将无法读取能够运行。

2.从本地上传文件到网站时，需要注意文件名只能用字母、数字或下划线命名，不能用空格等特殊字符命名，否则会上传失败。

[1] A、P、VK 等人。基因集：a-based for-wide。Proc Natl Acad Sci US A. 2005;102(43):15545‐15550. doi: 10.1073/pnas.